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是建立，而是合并。这就是说，它们的发展并不是像正常发展那样建立分院，而是许多院校都自愿合并入这两大学院。要说一个两个，甚至十所八所与其合并，这都不稀奇，可这一到大大小小几百家甚至上千家，就太不正常了。就这短短40年不到的时间，就可以发展成这样，这简直太不可思议了！所以当时的自然神教就开始派人暗中调查这件事。
那为什么自然神教反应会如此迟钝呢，就是因为自然神教本身是个极其松散的组织，几乎连个系统的管理架构都没有。而自然神教主事的人也不是固定的，几乎就是没几年就换一次，这些主事人都是一些德高望重的圣域魔法师。可这些人成天到晚都关心什么呢，不是关心教务，而是关心怎么修炼，怎么炼金（炼金术），怎么研究出个新魔法，怎么研究出更好的魔药，他们所关心的就是这些。
那为什么又几年一换呢？就是因为这些人，有时候遇到难题，不是去修真星不回来了，就是一闭关没日子出来，一两个月是他，一两年也是他，所以没几年就会换一批人。说白了这自然神教的神宫，赫然就成了这些老家伙的合作研究院了。也就是因为这样，直到40年后这自然神教才迟迟的察觉到事情的不对劲。
实际上之所以会造成这样的局面，那是和自然神教的教义大有关系的，自然神教信丰天地自然，不信诸神，只相信人人都有成神的机会，所以它不是‘神权管理’。形象的讲，自然神教就是个‘大’学生会（不是华夏国的学生会、西方的学生会）故而才会这么乱。也就是因为自然神教这种松散的管理，才致使那羽族有机可乘。
很快派去调查的人就传回了消息，调查表明这些合并的院校，都有一个共同的特点，那就是这些院校的高层以及很多青年才俊，都去过这两所学院学习交流过，所以说问题就出在这两大学院之上。可就是知道了是这个结果，那是什么原因造成这个结果，却怎么也查不出来。就这样这件事情就僵住了，如此一拖就又是好几年过去了。
到了公元前726年两大学院突然发难，宣布脱离自然神教的管辖，成立光明教廷与暗黑教廷与自然神教分庭抗礼。并且各自推出一位主神，但此时他们却没有给这个两个主神定名，只是说一个是光明主神，一个是黑暗主神，所代表的依然是两大自然元素。为什么如此，就是需要一个过渡，叫人民大众可以有一个信仰缓冲期。
同年自然神教内战爆发，公元前713年，两大教廷联军以势不可挡之势，攻陷自然神教的总部，并且利用群体联合魔法，禁咒‘陆沉术’，将自然神教所在的‘亚特兰蒂斯大陆’沉入了海底。自此，自然神教四分五裂土崩瓦解，也就是从这个时候，宣布了第一个魔法黄金时代的结束。
这场大战之所以自然神教会不堪一击，那就是因为在两大学院宣布独立的时候，西方大陆已经有十分之七的魔法师与国家投靠教廷势力了。为什么他们会对光明教廷与暗黑教廷如此死心塌地，这不是没有原因的。因为他们都接受了光明教廷的圣光洗礼，或是黑暗教廷的‘堕落’仪式。
那这是怎么一回事儿呢？原来羽族在自己的‘原住星’有一向技术，就是利用天使转生池制造天使，简单的讲就是接引特定的灵魂，进入天使转生池，成为天使为羽族服务。而地球上的羽族，就是在地球上建立了简化版的天使转生池，可以直接叫‘人’进入进行洗炼。受洗后这个人就会对光明羽族及其的忠诚，并且可以使用光明魔法。暗黑教廷的‘堕落’仪式其实也是大同小异，只不过接受仪式的人，除了是忠诚于暗黑羽族外，精通的也会是暗黑魔法。也就是因为如此，所以自然神教才会败得这么快，这么惨！
（天使与羽族是不同的，之间的关系很复杂，还牵扯到了很多的隐秘，以及天使转生池的由来，神界的大光明神耶和华，和人界的羽族是怎么回事，为什么羽族会存在两大派系，这些东西太多以后再说！）
就这样大战之后休养生息，两大教廷开始在西方大陆占据了主导地位。而自然神教的残余魔法师，则是东躲西藏渐渐地隐姓埋名转入了地下，这也是魔法史上的第一次巫师隐世事件！(未完待续)