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虽然如此，因为台澎地区的重要性，西班牙人也是轻易不敢言退，因为他们知道，像如此重要的地方，一旦退去，有朝一日若是再想回来，可就不是那么容易了。因此，尽管西班牙人只是保持着“微弱的存在”，可他们还是咬牙坚持着。
荷兰人在台湾的势力就很大了，他们在台湾南部修筑了热兰遮城和赤嵌楼，做为统治的中心，一方面残酷剥削台湾人民，把土地据为已有，强迫人民缴纳各种租税，掠夺台湾的米、糖，把其收购到的中国生丝、糖和瓷器经台湾转口运往各国，牟取高额利润。另一方面，他们还仗恃着船坚炮利，横行海上，劫掠往来商船，俨然成为肆虐海上的霸主。
除了外来的强盗，本土的强盗也是不甘寂寞，其中最大的一股，就是赫赫有名的郑一官郑芝龙。
郑芝龙，字飞黄（一说字飞龙），小名一官，天主教名尼古拉，福建泉州南安石井镇人。
郑芝龙是大明王朝自万历年间以来，在东南沿海、台湾及倭国等地为基地，非常活跃的海商兼海盗（随朝廷政策的变化身份随变），以其经营的武装海商集团著称。原来发迹于倭国的平户，后来逐渐向大明王朝的东南沿海以及附属海域延伸。
郑芝龙在离开日本到台湾建立新的根据地，不仅建立了一支实力强大的私人海军，而且效仿明朝在台湾设官建置，形成了初具规模的割据政权。
颜思齐去世之后，郑芝龙结合诸海盗首领，号称十八芝，拥有当时福建沿海实力最强大的一支武力及商业团队，领导海贼数万人，经营走私与劫掠事业，横行于台湾海峡。而更令人怀疑上天是否一直在眷顾他的是，另一名重要的人物李旦也于同年去世，其在台湾的产业和士卒也随即转归郑芝龙控制，而于厦门的则落入另一名海盗许心素的手里。
至天启七年，也就是当今的皇帝陛下登基之初，郑芝龙的势力已经有了爆发式的增长，拥有各种大小船只七百余艘；
许心素曾经建议荷兰东印度公司联手打击郑芝龙，但不知什么原因，东印度公司未允。
当时福建泉州府同安知县写给福建巡抚的文书中，说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州百姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水（即通报官府踪迹），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”这些言辞，不知真假，若是有五成可信，郑芝龙就犹有可用之处。
或许也因为这个原因，再加上最近十几、二十年间，大明朝廷专注于北方的后金，无力剿灭郑芝龙，于是便转而采取招安的政策。
目前，大明朝廷所委派的福建巡抚熊文灿，正与郑芝龙展开艰苦卓绝的谈判。郑芝龙的胃口不小，除了要求保持原有力量，还索取都督同知的职衔。
不管怎么说，在大明王朝一直时断时举的海禁政策，与世界海权勃兴的双重背景下，郑芝龙能够以民间之力建立水师，周旋于东洋及西洋势力之间，成为各方不能轻视的力量，在郑和船队退出南中国海两百年后，重新夺夺了海上部分的主导权，成为大航海时代东亚海域举足轻重的人物。